Não, em geral creio que não há problema. Tenho alguns ícones e temas que vieram em . deb (não sei quanto ao all, deve significar que é pra todas as arquiteturas, 32 e 64). É só clicar e instalar. Detalhe, como o deb instala no usr/share/themes (ou icon, depende claro), o tema aparece quando se entra num aplicativo como root também (synaptic, por exemplo.)