parando para ver sobre o log do comando do FFmpeg, noto algo meio intrigante: a minha versão do FFmpeg é diferente da sua.
aqui uso o Ubuntu 9.04 Jaunty, e instalei o FFmpeg diretamente dos repositórios padrões. não peguei alguma versão SVN mais atual, inserindo repositórios de terceiros no meu sistema. e não somente a instalação do FFmpeg foi dessa forma, como também dos pacotes de codec "unstripped", dos pacotes do lame, etc. veja só a saída do comando aqui, quando fiz um teste com um arquivo de vídeo FLV ontem:
user@E-TecaServidor:~/Desktop$ ffmpeg -i mj.flv -ab 128 -ar 44100 mj.mp3
FFmpeg version 0.5-svn17737+3:0.svn20090303-1ubuntu6, Copyright (c) 2000-2009 Fabrice Bellard, et al.
configuration: --enable-gpl --enable-postproc --enable-swscale --enable-x11grab --extra-version=svn17737+3:0.svn20090303-1ubuntu6 --prefix=/usr --enable-avfilter --enable-avfilter-lavf --enable-libgsm --enable-libschroedinger --enable-libspeex --enable-libtheora --enable-libvorbis --enable-pthreads --disable-stripping --disable-vhook --enable-libdc1394 --disable-armv5te --disable-armv6 --disable-armv6t2 --disable-armvfp --disable-neon --disable-altivec --disable-vis --enable-shared --disable-static
libavutil 49.15. 0 / 49.15. 0
libavcodec 52.20. 0 / 52.20. 0
libavformat 52.31. 0 / 52.31. 0
libavdevice 52. 1. 0 / 52. 1. 0
libavfilter 0. 4. 0 / 0. 4. 0
libswscale 0. 7. 1 / 0. 7. 1
libpostproc 51. 2. 0 / 51. 2. 0
built on Apr 10 2009 23:18:41, gcc: 4.3.3
Seems stream 0 codec frame rate differs from container frame rate: 1000.00 (1000/1) -> 30.00 (30/1)
Input #0, flv, from 'mj.flv':
Duration: 00:04:11.08, start: 0.000000, bitrate: 405 kb/s
Stream #0.0: Video: flv, yuv420p, 320x239, 341 kb/s, 30 tbr, 1k tbn, 1k tbc
Stream #0.1: Audio: mp3, 22050 Hz, mono, s16, 64 kb/s
WARNING: The bitrate parameter is set too low. It takes bits/s as argument, not kbits/s
Output #0, mp3, to 'mj.mp3':
Stream #0.0: Audio: libmp3lame, 44100 Hz, mono, s16, 0 kb/s
Stream mapping:
Stream #0.1 -> #0.0
Press [q] to stop encoding
[flv @ 0x892dac0]skipping flv packet: type 250, size 725, flags 0
size= 1961kB time=251.06 bitrate= 64.0kbits/s
video:0kB audio:1961kB global headers:0kB muxing overhead 0.001593%
apesar da sua versão do FFmpeg ser mais atual que a minha (a minha é de abril, e a sua é de setembro), deve haver alguma coisa nessa versão mais nova que esteja impossibilitando de realizar essa conversão. não sei ao certo se é ausência de algum pacote / plugin / codec, ou se é alguma configuração do FFmpeg presente na minha versão, mas ausente na sua. quem sabe se tentar usar a versão dos repositórios (mais antiga, que é de abril), não seja mais estável.
caso esse problema do FFmpeg seja de difícil resolução, há outros programas (com interface gráfica, inclusive) que fazem isso. exemplo disso são programas como "soundconverter" ou "audacity", onde um deles talvez consiga extrair o som de um vídeo só de abrí-lo nesses programas.