Clique com o botão direito do mouse sobre o contato, vá em Propriedades, na janela que se abrir clique na aba Configurar, existe um item chamado Janela de Notificação, após alterar é só Aceitar.
Com os skins, talvez problemas de permissão, experimente colocar na sua /home/seuusuário/.amsn/skins
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