Olá,
O problema é que quando você instala pelo navegador, geralmente escolhe a versão livre do flashplayer. Por algum motivo, ela é habilitada para tocar os arquivos de flash somente se você permitir. Para resolver este problema, você tem que instalar a versão não livre do flash player, que é o da Adobe.
Para fazer isso, inicialmente, remova os pacotes do flash free no Synaptic (provavelmente um pacote que começa com "swfdec" ou tem "gnash" no nome). Depois instale o da Adobe com "apt-get install flashplugin-installer".
Depois disso, reinicie o navegador e pronto!
Boa sorte.