Gladiadorbr,
A única experiência parecida ( não igual) que já tive foi com um pen conectado numa porta USB com mau contato. No caso, arquivos transferidos foram corrompidos, outros mudaram as permissões, uma pasta oculta '.cache' foi criada, e de um modo geral o pen somente permitia leitura. O jeito foi rodar um 'fsck', que resolveu tudo. Se o seu HD externo é USB, pode ter ocorrido algo semelhante; sugiro que tente.
VB5