Essa eu demorei para descobrir então resolvi postar aqui.
O Emacs possui integração com o ispell para efetuar verificação ortográfica (na verdade é o aspell, mas completo, que é chamado no lugar do ispell). Provavelmente isso não é novidade para quem o utiliza.
Tudo funciona bem quando o texto está em inglês. No entanto, quando mudo o dicionário para "brasileiro" (ele não parece achar o pt_BR ou pt_PT) e tento verificar a ortografia de alguma palavra acentuada ou com cedilha é onde os problemas aparecem. Provavelmente porque o dicionário está em iso-latin1 enquanto que o sistema (e o Emacs) está usando utf-8.
Para usar o dicionário correto então basta colocar no seu arquivo .emacs o seguinte
(setq ispell-local-dictionary-alist
'(("brazilian"
"[A-ZÁÉÍÓÚÀÈÌÒÙÃÕÇÜÂÊÔa-záéíóúàèìòùãõçüâêôö]"
"[^A-ZÁÉÍÓÚÀÈÌÒÙÃÕÇÜÂÊÔa-záéíóúàèìòùãõçüâêôö]"
"['-]"
nil
("-d" "brazilian")
nil
utf-8)))
(set-default 'ispell-local-dictionary "brazilian") ; Essa linha é opcional
Se não der certo tente mudar "brazilian" para "pt_BR" ou "pt_PT".
Depois é só mudar o dicionário para brazilian com M-x ispell-change-dictionary (caso não tenha incluído a última linha) e verificar a ortografia com M-x ispell.