Vamos ver:
Ubuntu 8.04:
Firefox 3.5.3; Esse foi instalado usando os repositórios ou não?
Em /usr/lib tem uma pasta que chama "firefox-addons" e dentro dela uma pasta chamada "plugins" que deve conter a "libflashplayer.so",
esta deve ser a única menção a lib que deveria estar no sistema. Pois é a esta pasta que esta direcionado o link da pasta "plugins" do Firefox original do sistema.
Tente na instalação nova do firefox renomear a pasta "plugins" para "bkp-plugins", vá em /usr/lib/firefox-addons/, clique com o botão direito do mouse sobre a pasta plugins e selecione criar link, mova este link para a pasta do firefox novo onde você criou o bkp, cole o link e renomeie para "plugins".
Reinicie o Firefox e visite novamente os sites.
Para conseguir fazer é necessário usar o nautilus como root.
T+