Até o Windows Vista para instalá-lo, já tendo uma distribuição linux, só conseguia apagando as partições com outros sistemas operacionais, incluindo a(s) distro(s) linux. Agora como pode ser uma atualização do Windows Vista para o Windows 7 não sei se será preciso apagar os demais sistemas operacionais.
E deste jeito que já fiz, apagando o linux perde todos seus arquivos contidos nele, por isso é importante fazer backup (uma cópia de segurança) em seu pen-drive, CDs, DVDs (eu particulamente uso isto) ou HDs externos, etc.