Se de dentro do windows você não vê seus arquivos algo errado você fez além de só colocar lá um arquivo do Linux.
O windows não "enxerga" o Linux, logo ele nem sabe que o Ubuntu existe.
então explique melhor o que voce fez, pois "sumir" com uma pasta o Ubuntu não faz.
Quando o forum puder entender com detalhes o que aconteceu com certeza alguém poderá ajudar com mais conhecimentos.
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