Se puder, reformate seu pendrive...
Alguns pendrives vem com uma formatacao não muito boa de fabrica.. q funciona em windows, mas os Linux tem dificuldade para ler... Tente fazer um:
sudo mkfs.vfat /dev/sdaOBS: lembre-se de modificar o sda pelo dispositivo do pendrive..
Depois da formatacao o mesmo deve funcionar sem problemas no windows e no linux...