Bem, não sei se tô falando besteira, mas até onde eu sei, as informações sobre permissões de arquivos ficam guardadas na própria partição e o sistema faz o vinculo entre essas informações e o INODE do arquivo pra saber grupo, usuário, etc.
No caso do NTFS e do FAT, como o sistema "monta" a estrutura de arquivos como se fossem arquivos da própria partição (como links para o hd real), então do mesmo jeito essas informações são válidas apenas para esses 'links'.
É por isso, por exemplo, que quando você monta uma partição fat32, os arquivos todos ficam com a permissão do usuário que montou.
Mas eu tô respondendo isso apenas pelas minhas observações e pelo pouco que li.
Provável que não esteja totalmente correto.