Eu próprio reconheço que essa foi a parte mais difícil pois é um processo algo longo....
Vou agora postar o procedimento que usei para conseguir que o eterm arranque com o gnome, sempre transparente, sempre abaixo de todas as outras janelas e de maneira a que apareça em todos os workspaces.
Vamos precisar do eterm e do devilspie que podem ser instalados pelo apt:
sudo apt-get install eterm devilspie
Em seguida há que criar um ficheiro na vossa home que configure o devilspie. Dêm-lhe o nome de .devilspie.xml (não esquecer o . antes do nome) e insiram as seguintes linhas:
<!DOCTYPE devilspie SYSTEM "devilspie.dtd">
<devilspie>
<flurb name="Eterm pinned and no taskbar">
<matchers>
<matcher name="DevilsPieMatcherWindowName">
<property name="application_name" value="Eterm"/>
</matcher>
</matchers>
<actions>
<action name="DevilsPieActionSetWorkspace">
<property name="pinned" value="TRUE"/>
</action>
<action name="DevilsPieActionHide">
<property name="skip_tasklist" value="TRUE"/>
<property name="skip_pager" value="TRUE"/>
</action>
<action name="DevilsPieActionLayer">
<property name="above" value="FALSE"/>
</action>
</actions>
</flurb>
</devilspie>
Feito isto há que configurar o arranque tanto do devilspie como do eterm no gestor de sessões do gnome, no último tab.
Por razões que não consigo perceber, para que tudo funcione há que intercalar o arranque do devilspie e do eterm com uma outra aplicação.
Eu por exemplo uso:
59 devilspie
60 amsn
61 Eterm -x -f white --scrollbar=off --buttonbar=off --trans --itrans --no-cursor --geometry 70x26+415+325
62 gdesklets
Como podem reparar o comando relativo ao Eterm tem diversos argumentos que podem fazer variar de acordo com as vossas preferências. No geral temos:
Eterm -x -f 'cor' --scrollbar=off --buttonbar=off --trans --itrans --no-cursor --geometry 'tamanho''coordenadas'
O mais difícil é ajustar a posição mas se forem correndo este comando na consola e fazendo variar os parâmetros é uma questão de tempo até ficar mesmo onde querem
O argumento geometry pode assumir valores positivos ou negativos (p.ex 70x26-45-32) mas não há nada como experimentar para ver que valores escolher.
Para ver se tudo funciona, reiniciem o X.