MTU é "Maximal Transmission Unit". É o tamanho do maior pacote que uma rede pode transmitir sem que haja fragmentação.
Redes normais não têm problemas quanto a fragmentação. Mas como há administradores paranóicos que proibem a passagem de quadros fragmentados (por estarem associados a alguns ataques pré-históricos), pacotes fragmentados podem ser bloqueados em algumas redes.
A configuração tem que ser feita em sua máquina, não no roteador.
O roteador tem uma interface de rede ethernet normal (MTU de 1500 bytes), e outra interface que funciona em PPPoE (PPP sobre Ethernet). O cabeçalho PPP "rouba" alguns bytes do cabeçalho ethernet, então o MTU nessa interface diminui. Eu acho que o MTU normal do PPPoE são 1492 bytes.
Assim, um pacote normal de 1500 bytes, quando sai pela interface WAN (PPPoE), se torna maior que o MTU, tendo que ser fragmentado em 2 pacotes (um com 1492 bytes, o outro com 8 bytes). Esses pacotes são bloqueados pelos paranóicos, impedindo algumas conexões e prejudicando a transferênca de arquivos grandes (sintoma: abertura de páginas normal, figuras e downloads lentos ou corrompidos).
Configurando sua máquina com um MTU menor, você impede que os pacotes que ela envia sejam fragmentados.
Mudar a configuração no roteador pode ter dois resultados completamente distintos, conforme a marca e o modelo do roteador: ele pode reportar a mudança do MTU por DHCP pras estações, evitando a necessidade de que elas tenham que ser configuradas manualmente; ou ele pode começar a rejeitar os pacotes sem modificação, reconhecendo-os como "giants" (gigantes, ou seja, acima do MTU). Lembro que a fragmentação só ocorre dentro de um roteador, quando passa de uma interface pra outra, nunca no link, passando de uma máquina pra outra.