O shell é o coração do sistema, tanto no Linux quanto no Mac OS X. Por mais que as distribuições mais atuais estejam facilitando o uso ao usuário final e diminuindo a necessidade deles usarem o terminal, ele sempre será parte íntegra do sistema e algo extremamente poderoso. O shell não sai do Linux, e o Linux não sai do shell. Quem espera que isso um dia mude é melhor continuar no windows mesmo...
Certo a MS vai continuar com 99% dos pcs no mundo?
Se o Linux não tivesse a Shell, você amaria o sistema, mas a maioria dos usuários do Linux não o usaria, e eu seria um. A shell não é só um terminal pra você editar as suas configurações, ela é uma ferramenta muita poderosa com a qual você pode fazer qualquer coisa no sistema. Além do mais, com a shell você se sente livre, pode ir em qualquer lugar do sistema, editar qualquer configuração, ver tudo e fazer muito mais. Já no Windows, quando você não consegue resolver um problema com mouse, faz o quê? Senta e chora. No Linux não, já que existem várias vantagens.
Quanto ao Skype e outros aplicativos, você tem que ver que a culpa não é do Linux, mas de quem desenvolve o aplicativo. Por que o Skype para o Windows é superior ao do Linux? Porque a empresa Skype sabe que há muito mais usuários do Windows do que do Linux. Eles não querem agradar todos, só a maioria. Isso também acontece com outros aplicativos, e alguns deles nem se dão o trabalho de elaborar uma versão para o Linux. Por outro lado, existem algumas empresas, principalmente da área científica, cujos aplicativos para o Linux são exatamente os mesmo que para o Windows. Exemplos disso são a Wolfram Reserach e MapleSoft, que são donas dos programas Mathematica e Maple. Essas empresas sabem que na área científica o Linux é o "manda chuva" (mesmo porque o sistema foi feito pra ser de desenvolvimento e não um sistema desktop), pois diferente do Windows, ele sabe diferenciar memória virtual da memória física, o que torna o sistema muito mais rápido. O Maple do Linux, por exemplo, é muito melhor que o do Windows, pois você pode rodá-lo (sem perda de tempo) pelo terminal, possibilitando você de fazer várias coisas, inclusive fazer cálculos remotamente em outras máquinas que estejam muito longe de você, mas que sejam mais poderosas. Nesse caso, o conjunto Shell + Maple permite você fazer algo que não pode fazer no Windows. E esse é só um exemplo.
Abraços.