Para gerar um pendrive bootável, você pode usar um programa chamado Unetbootin. Ele, inclusive, está no repositório e você pode instalá-lo pelo Synaptic.
O programa é bem fácil de usar. Mas se você tiver alguma dúvida, procure aqui no fórum que acho que já vi alguém explicando como usá-lo em algum dos posts daqui.
Acho que não precisa formatar o pendrive antes (eu, pelo menos, nunca formatei e sempre funcionou). Mas atenção: você perde todos os dados que estiverem no pendrive.
Um abraço.