Vc instalou o GRUB na MBR, não é?
A MBR com 3 HDs é a do Master. Vc teria que colocar lá o boot do Windows desse HD, para sobrescrever o GRUB.
Vc pode fazer isso usando o CD de instalação do Windows.
Depois vc teria que recuperar o GRUB do Ubuntu instalando ele só no HD em que está (na raiz da partição - sdc1, por exemplo).
"Essa parte do Ubuntu eu nunca fiz mas acho que funciona".
Nesse tópico tem como fazer as duas coisas.
Mas, vc não está conseguindo entrar nos 3 sistemas pelo GRUB?
Se está, por que não deixa assim? É bem mais prático.