Bom no geral, recomenda-se uma instalação limpa do zero mesmo, pois assim evita de o sistema ficar com arquivos desnecessários ocupando espaço e problemas com configurações,sim, seus arquivos serão preservados, o q vc tbm pode fazer é criar uma partição /home separada antes de qq instalação q for fazer, sobre atualizar pela mídia, se não estou enganado ao inserir o disco da nova versão o sistema irá reconhecer q um disco de pacotes foi inserido, é mais ou menos isso