Depois de muita busca na internet encontrei a solução para AMD 64 Ubuntu Lucid Linux Beta, mas funciona no Koala também. O tutorial do site
http://dotlinux.net/?p=119 do colega Wagner Santos (este ajuda a criar a variável java_home, que é imprescindível pro Banco do Brasil rodar legal). Depois de instalado o java e criado a variável java_home é preciso criar um link do arquivo libnpjp2.so no local onde está instalado o firefox 3.6.2: /USR/LIB/MOZILLA/PLUGINS , no Namoroka é preciso criar o link na pasta do namoroka:/usr/lib/firefox3.6.3/plugins A maneira mais fácil de criar o link é logar como root e ir na pasta do java: usr/lib/java/jre1.6.0_19/amd64 e apertar o botão direito no arquivo libnpjp2.so, escolher criar link, depois recorta o link e vai até a pasta do plugin do firefox, e cola o link, depois renomeia, tirando a palavra link. Depois reinicia, digita no firefox about:plugins e vê se o java aparece.