Tem sim, são chamados de rootkit
É isso mesmo. Há 02 ótimos programas prá detectá-los: o
chkrootkit e o
RKHunter, ambos existentes nos repositórios.
Para rodar o primeiro, digite no terminal:
sudo chkrootkit
E o segundo:
sudo rkhunter -c
O ideal é instalar os dois, pois eles procuram por ervas daninhas diferentes.