Cara... por acaso eu achei teu tópico... e tive o mesmo problema que vc.
Eu tenho um HD 500GB SATA e um HD IDE 40GB.
No HD SATA tenho os sistemas operacionais e no IDE normalmente faço alguns backups.
Eu estou começando no UBUNTU há pouco tempo e fiz umas 20 instalações sem sucesso em dual boot.
Hoje, que estava com mais paciência (pq até então tava desencantando do UBUNTU), resolvi fazer diferente.
Repassei todos os arquivos do HD IDE para uma partição NTFS e desconectei ele do pc.
Fiz a instalação do UBUNTU novamente, e deu certo!
Qual é a grande sacada?
A mobo, quando vc conecta um HD SATA e outro IDE, ele considera o IDE como IDE PRIMARY no setup.
o SATA geralmente é IDE THIRD e FOURTH.
Então quando é feita a instalação, normalmente o usuário que só tem HD SATA ou que só tem HD IDE, as partições são HDA (para IDE) ou SDA (para SATA).
Mas quando vc tem um HD IDE e SATA no mesmo computador eles se tornam automaticamente SDA e SDB... e o grub é instalado no SDA ao invés do SDB... e aí começa toda a confusão... o PC simplesmente não enxerga o boot do HD IDE (até pq não tem SO nele), o grub não inicia pq está instalado na IDE, e o Windows inicia normalmente...
sem dual boot.
Eu ainda estou procurando alguma correção para isso. Talvez esse caso dificilmente ocorra para que tivessem programado o UBUNTU a sanar esse problema.