Bem, não sei se vai resolver seus problemas, mas foi assim que eu fiz quando instalei o emerald:
1)instalei normalmente pelo synaptic.
2)Abri o "Gerenciador de Configurações do CompizConfig(se não tiver, instale)" -> efeitos -> Decoração de Janela. No comando, apague o que está lá e coloque " emerald --replace "
3)Para iniciar o Emerald com o sistema coloque em Sistema -> Preferencias -> aplicativos de sessão -> Adicionar e coloque o nome Emerald e o comando "emerald --replace"
4)Se quiser usar logo digite no terminal "Emerald --replace"
5)Não esqueça de ativar os efeitos em "Sistema -> Preferências -> Aparência"
Boa Sorte!!