Referência:
http://ubuntulife.wordpress.com/2010/05/24/tip-utilizar-varios-threads-para-convertir-videos-usando-ffmpeg/
Para tal é só adicionar o parametro
-threads e número de "core" do processador que você possui.
Por exemplo se for dual core ficaria assim:
$ ffmpeg
-threads 2 -i nome do video.avi -target pal-dvd nome de saida video.mpg
Para facilitar você pode criar um 'alias' assim:
Abra o arquivo .bashrc(que está oculto na sua home), ao final dele adicione o seguinte código:
alias ffmpeg='ffmpeg -threads 2'
Salve o arquivo e depois no terminal digite:
$ source ~/.bashrc e de enter.
daí por diante toda vez que digitar ffmpeg será o mesmo que digitar ffmpeg -threads 2.
Lembrando sempre de atualizar .bashrc com o comando source ~/.bashrc sempre que adicionar um alias.
Creio que você vai gostar muito, pois a velocidade de conversão melhora muito, convertendo arquivo mp4 para mp3 se dão em poucos segundos.
Abraços.