Olá, isso está acontecendo as vezes comigo, raramente, mas acontece, principalmente com o outro usuário do computador.
Quebra galho:
Pressione "Alt+F2" na caixa que se abre digita "kiilall gnome-panel" sem as aspas.
O painel some e logo volta correto. Tem algo no sistema que precisa ser atrasado na inicialização, não lembro o que é, resolvi deixar assim e esperar a correção, a gente muda os arquivos de configuração e após ser corrigido não lembra de desfazer.
T+