poderiam me ajudar, estou com o mesmo problema, só q, todos meu executáveis estão em uma partição q ambos (Windows e Ubuntu) acessam, e a maior parte deles foram baixados pelo windows.
já tentei alterar as permissões pelo Nautilus, mas ao clicar em marcar como executável a opção é desmarcada, e tbm tentei via terminal com o sudo chmod e mesmo assim não pude alterar as permissões.
obg.