Posição das Janelas

[Manoboy]

No Ubuntu 10.04 instalei o aMSN e o Skype. Logo após a instalação configurei os programas para ficarem no canto superior direito da tela encostados na borda direita e no painel. Além disso fiz o dimensionamento das janelas para ficarem com tamanhos adequados.
O que acontece é que todas vez que inicializo o Ubuntu as janelas aparecem em lugares que não os configurados e com tamanhos diferentes.
Isso acontece quando os Efeitos Visuais estão ativados, pois se eu deixar sem nenhum efeito as janelas ficam conforme configurei.
É problema do Compiz? Existe solução para resolver isso?

[Manoboy]

Ainda enfrento o problema relatado anteriormente.
Minha ultima tentativa de solução foi através do Gerenciamento de Janelas que há no Gerenciador de configurações do CompizConfig.
Lá existe uma opção chamada Colocar Janelas que achei muito confuso de se entender e de configurar e por isso não tive muito sucesso.
Existe uma outra maneira de corrigir esse problema?
Alguem mais passou ou passa por isso?