O que você chama de "manipular a partição"? Copiar, colar, deletar, mover, são operações de arquivos, não de partição.
"Manipular partição" seria criar novas partições, apagá-las, mudar seu tamanho ou posição no disco, e isso só o root pode fazer --- e mesmo assim, se você tentar fazer alguma coisa com a partição raiz, tem que dar boot com o LiveCD. O melhor programa que conheço pra isso é o Gparted, que infelizmente não faz parte da instalação padrão. Uma lástima.
Voltando ao seu problema (manipular arquivos), me parece que você montou essa partição num local ao qual você não tem o acesso necessário. E, sendo uma partição nativa linux, o sistema de arquivos dela também pode registrar as permissões desses arquivos.
Onde exatamente essa partição foi montada?
Com quais opções de montagem?
Qual o formato dessa partição? (ntfs, ext3, ext4, reiserfs, etc)
Quem é o proprietário do ponto de montagem?
Quais as permissões do ponto de montagem?
Quem é o proprietário dos arquivos que estão no primeiro nível de diretório dessa partição, e quais são as suas permissões?