As partições no disco rígido não o vão propriamente ajudar a resolver o problema. Fiquei sem perceber: consegue arrancar via pen? Se sim, entra em modo terminal via pen (live), monta o disco rígido, por ex.
sudo mount /dev/sdb1 /mnt
e corre o comando que já lhe deixei de verificação de disco que acabou de montar (o HD principal). As partições no disco só dariam se fizesse instalações autónomas do ubuntu, ou seja instalar o ubuntu multiplas vezes nas várias partições. Se é isso que está a fazer também irá resultar, mas não sei como aparecerá no grub a diferenciação...
Por norma desaconselho a solução do amigo marcosalvesps. Chamo-lhe a solução microsoft. Dá erro, reinstala... Só por uma vez tive que o fazer e logo no ínicio por uma tremenda parvoíce que fiz nas permissões. Mal de mim que nas empresas que sou responsável andasse a formatar máquinas sempre que dão erros... Contudo, se o tempo de resolução é importante e não há grandes configurações/programas instalados é sempre uma solução aceitável. Quanto às actualizações, não me parece pelo erro que tenha nada a ver. Quando possível, pode-se evitar um ou outro problema por uma instalação virgem. Mas quando temos 20/30 aplicações instaladas, com n configurações já feitas, só o trabalho que dá em repor tudo não paga o trabalho de corrigir um ou outro bug que possa aparecer. Normalmente no meu caso as actualizações dão-me sempre cabo do totem
(vá-se saber), mas em alguns minutos corrige-se sempre o problema.
O e2fsck pode demorar um pouco a correr (tipo MS scandisk). Desde uns minutos a 1 ou 2 horas, dependendo do número de problemas e do tamanho do disco. Vá dando um olhinho enquanto o corre para verificar se ele está a corrigir problemas ou se o disco está limpo.
É verdade... Não se preocupe com o xserver para já. Existe um bug (lá está o que referia o amigo marcosalvesps quanto às actualizações) na actualização automatica dos drivers da nvidia do 9.10 para o 10.04, mas fácil de solucionar. Estou mais preocupado com o estado do disco, porque se tiver problemas no sistema de arquivos, ou pior, nos sectores físicos, vai ter rapidamente uma catadupa de problemas para resolver (às vezes só lá vai com um disco novo)...
Cumprimentos