Mesmo problema aqui. 2x!
sua solução resolve, mas apaga todas preferencias, favoritos em fim, perde muito, ganha pouco.
não sei o que ocasionou o problema na primeira vez que aconteceu aqui, mas na segunda vez, creio que tenha sido eu ter abrido o chrome como root acidentalmente.
(sudo nautilus>abri o chrome esquecendo que isso o rodaria como root)
na primeira vez, fiz uma cópia dessa pasta, e fiz o que você falou, depois fui recolocando os arquivos na pasta, pra tentar resgatar os favoritos etc, perder só as preferências.
na segunda vez, verifiquei as permissões de acesso dos arquivos, e vi que alguns deles tinham virado de propriedade do administrador, dai mudei pra que meu usuário fosse o dono, e o problema foi corrigido.
se alguém mais tiver esse problema, verifique as permissões de acesso, se não tiver nada de errado,apaguem só o arquivo usuario/.config/google-chrome/Default/Preferences
se não, vão perder os favoritos e etc...