Dois métodos de fazer isso a primeira é manualmente uma por uma e a outra e eliminar o mal pela raiz.
Primeira maneira:
sudo nautilus
Depois clique em propriedades da pasta ou arquivo.
Vá em emblemas e tire a seleção do emblema novo.
Segunda opção se esse emblema estiver em todas as pastas e arquivos.
sudo nautilus
navegue até esta pasta
/usr/share/icons/Humanity
Dentro dessa pasta Humanity (que é o tema do ubuntu) terá outra pasta chamada Emblems.
Terá duas opções ou deleta a pasta Emblems, ou entra na pasta Emblems e depois vá em todas as subpastas (16,22,24...) e remove o arquivo emblem_new.svg
Simples não! Não esqueça de reiniciar.