Tente.
aperte
alt+ f2
e chame o nautilus como usuário root
gksu nautilus
Mas, vou logo avisando, cuidado com o que fazes como root, pode criar vários problemas para ti !!
Não apague a pasta diretamente, recorte para algum outro lugar. Caso precise refazer o processo.
Estas pastas que está tentanto apagar devem ser úteis para o programa que instalou, portanto cuidado.
Espero que tenha sido útil.
Abraço