Realmente voce não entendeu, mas vou dar uma amstigada.
No sistema operacional GNU/Linux, seja ele Ubuntu, fedora, mandriva, Debian, etc., os pacotes ( programas ) baixados contém exigências de alguns outros pacotes ou módulos ( drivers ) para funcionar. Por exemplo, no seu Windows, a maioria dos programas são instalados na pasta "Arquivos de programas", outra parte destes programas ainda instalam coisas na pasta "Windows" e "Windows/system" ou ainda em "Windows/system32" e finalmente criam um atalho em sua aread e trabalho ou na sua pasta pessoal "documents and settings/usuario"
No Linux, qualquer que seja ele, o mesmo acontece, uma parte vai para a pasta /usr, outras para usr/share e as configurações do pacote ( programa ) ficam na sua pasta pessoal /home. Como no Windows, você não precisa criar as pastas quando da instalação, e no Linux não tem acesso a elas como usuario, apenas sua /home é disponibilizada.
Desta forma, entre no gerenciador de arquivos Nautilus, tecle <ctrl>+<h> para ver seus arquivos ocultos. Todos os arquivos que começam com um ponto, por ex. : .mozilla são arquivos de configuração passiveis de modificar.
Numa situação hipotética com o tvtime, ele irá se instalar na maquina usando o instalador chamado => gerenciador de pacotes synaptic.
Vai criar na sua pasta /home um arquivo de configuração oculto .tvtime
Se no manual do tvtime, ou nos foruns for solicitado editar o tvtime, será nesta pasta oculta .tvtime que voce terá que mexer. É assim que funciona no Linux.
Então, não se preocupe com pastas, nem em aonde instalar, tudo é feito para voce de forma automatica. Basta instalar com um clique.
[]'s