Só pra explicar melhor... quem estaria fazendo a pré-alocação seria a partição. A cada bloco que o sistema tenta gravar, em vez de alocar exatamente o espaço do bloco, a partição aloca um espaço um pouco maior, de forma que quando o sistema tentar gravar um bloco que fique colado no anterior, ele não precise alocar novo espaço.
Veja que o cliente torrent não grava os blocos em sequência, ele os grava fora de ordem, na mesma ordem em que os blocos chegam. Vc pode receber primeiro o bloco 1000, depois o 7, depois o 121, etc. O resultado disso é que o arquivo parcial do torrent é sempre um arquivo esparso.
O que acontece é que quando você faz muitos downloads de arquivos grandes, seu sistema de arquivos fica muito fragmentado, gerando lentidão mesmo no Linux, que sofre menos com a fragmentação (ela sempre existe, apenas o Linux se vira melhor quando ela existe).
Pra evitar isso, clientes torrents como o Azureus/Vuze permitem que vc pré-aloque o arquivo. Ou seja, o arquivo ocupa logo todo o espaço necessário, criando um arquivo não-esparso, e contínuo.