Desculpe a demora para responder porque estava ocupado. Primeiro veja se seu ubuntu está trabalhando com o java, ou outro.
sudo update-alternatives --config java
Se houver mais de uma alternativa escolha java, senão pule para a próxima lição.
Agora vamos resolver seu probleminha, vamos procurar onde se encontra o jdownloader digite o comando abaixo e espera um pouco (visto que pode demorar um pouco o cursor ficar piscando)
sudo find / -name jdownloader
Ele listará todas as pastas que tem esse nome.
Procure nas pasta o arquivo jdownloader.jar
Outro método para encontrar o jdownloader é digitar num terminal:
sudo whereis jdownloader
Pronto sabendo o caminho onde ele se encontra digite estes comandos para alterar a permissão (vou colocar como exemplo ficticío se ele estivesse em /home/user/jdownloader/JDownloader.jar) mas é lógico substitua o caminho fictício pelo verdadeiro
sudo chown -R /home/user/jdownloader/JDownloader.jar
sudo chmod +w /home/user/jdownloader/JDownloader.jar
Agora tente digitar esse comando num terminal, lembrando de colocar o caminho verdadeiro.
java -jar /home/user/jdownloader/JDownloader.jar
Pronto agora é só configurar o lançador!
Agora você clica com a direita do mouse em qualquer lugar da área de trabalho criar lançador, digita um nome qualquer para seu programa Jdownloader, e no comando digita:
java -jar /home/user/jdownloader/JDownloader.jar
Agora não precisará mais usar o superusuário, não precisa me agradecer é só editar esse tópico como resolvido.
Só lembrando que se seu programa estiver pasta root, você tera que digitar sudo nautilus e mudar para outro lugar só depois digite os comandos de permissão e blá blá blá.