Nunca mexa no relógio!!! Isso faz você perder a referência da hora. Até pq na primeira vez que você puxar a hora da internet, ele vai voltar à hora correta.
O que acontece é que todas as horas dentro do Linux são, na verdade, horas de greenwich (GMT+0 ou UTC). Quando o horário de verão ativa, a máquina não adianta sua hora, ela apenas muda de fuso horário (no nosso caso, de GMT-3 para GMT-2). Assim você garante que um computador em Rio Branco (GMT-4) consegue conversar com outro em São Paulo durante o horário de verão (GMT-2), pois os dois têm a hora interna igual.