opa marcelo faria, estou conferindo e real/ aqui o gnash ñ está instalado, desculpa pela informação errada.
o gnash é uma alternativa livre p/ o flash, mas ainda imaturo.
também existe a alternativa livre do java, o open-dk, esse tá mas avançada, mas em alguns caso o java proprietário é necessário, como por exemplo, acessar o banco do brasil.
o que acontece é que o ubuntu, ñ vem c/ codecs proprietários, mas hj em dia ele instala por demanda, e substitui o gnash pelo flash. ñ sei qual versão vc usa, mas se for a 64bits, precisa add um ppa p/ o flash plugin.
o que também pode ter ocorrido aí, é que vc deve ter add programas e novos ppas ao repositório original s/ controle e ter causado em parte esse conflito.