Usando pacotes de temas para o GDM já não é possível desde o 9.04 (se não me engano). Existe uma forma de usar o mesmo tema que você usa no sistema no GDM.
Você colocaria aquela tela de Preferências para iniciar com o Ubuntu, faria a alteração do tema, entraria na sessão, removeria Preferências da inicialização e pronto. Quando reiniciasse já teria o novo tema (um pouco chato né?).
Como colocar Preferências ao iniciar o Ubuntu. No terminal digite:
sudo cp /usr/share/applications/gnome-appearance-properties.desktop /usr/share/gdm/autostart/LoginWindow
sudo /etc/init.d/gdm restart
Como remover Preferências ao iniciar o Ubuntu. No terminal digite:
sudo rm -rf /usr/share/gdm/autostart/LoginWindow/gnome-appearance-properties.desktop & killall gnome-panel & killall nautilus
Qualquer dúvida, posta ai.