Como você mesmo disse, um utiliza o KDE outro o Gnome, além da interface gráfica totalmente diferente.. alguns programas são mais normalmente utilizados numa outros na outra, exemplo: Gravador de CD/DVD frontend, K3B no KDE, GnomeBaker.. e por ai vai..
Tem gente que gosta mais de uma, outros de outra.. acho que é apenas essa a diferença entre os 2..