O Ubuntu não é um ambiente gráfico. Ele é uma distribuição do Linux que possui como ambiente gráfico padrão o GNOME. Existem outros, como o KDE, o XFCE, etc. O Ubuntu possui algumas variações que utilizam outros ambientes gráficos, como o Kubuntu (KDE) e o Xubuntu (XFCE), além de outras não oficiais.
Se você se refere às configurações da área de trabalho do GNOME, tem que deletar algumas pastas ocultas dentro da sua pasta de usuário (Home/nome do usuário). Apenas lembrando que o que define o caráter oculto de uma pasta é a presença do . antes do nome. Para mostrar essas pastas ocultas, basta apertar Ctrl+H. Eis as pastas que devem ser deletadas:
.gconf
.gconfd
.gnome
.gnome2
Exclua essas pastas e reinicie o computador. As configurações da área de trabalho devem voltar ao "padrão de fábrica".