O Jack control é chato mesmo e meio instável.
Não gosto deste aplicativo que é uma espécie de ponte, isto é um servidor de áudio que liga vários softwares de som ao mesmo tempo.
Tem vantagens, é claro que é bom poder ligar vários aplicativos ao mesmo tempo
Mas também tem desvantagens, a maioria dos aplicativos de áudio no linux ficam dependentes deste aplicativo.
E na medida que vai se adicionando mais aplicativos, fica tudo pesado.
E ao meu ver não é muito prático, pois perde-se muito tempo nas configurações.
Mas nunca tive problemas de não poder configurar.
Uso o Ubuntu Studio, que tem um outro aplicativo que se chama Ubuntu Studio Control, onde se pode fazer algumas configurações que melhoram a perfomance do Jack.
O que sei é que o jack control só funciona direito num kernel rt (rt= realtime).
Pode até funcionar no sistema normal, mas o desempenho é fraco.
Tente ver qual é a versão que você tem instalada, de repente é melhor instalar uma mais antiga.
Quanto ao LMMS, por enquanto pelo que sei da atual versão, a opção de utilizar junto com o Jack Control ainda não esta implementada.´
O LMMS não depende do Jack control para funcionar, funciona sózinho.
Para poder aproveitar bem o Rosegarden tem que ter o jack funcionando.
Um outro software de áudio que funciona muito bem no linux é o Reaper.
Vale a pena testar.
Roda muito bem tanto no windows como no linux.
É um software pago, mas a um custo bem acessível, e pode-se instalar sem problemas, que o software fica sempre ativo, mesmo sem registro.
Mas lembo que se você quer realmente trabalhar com áudio no linux, tem que ter um kernel rt, para ter um desempenho razoável.
O Kernel do linux normal, é muito ruim para áudio, só serve para escutar música em players e assistir alguns filmes com um áudio sofrível.
É um problema que ainda não resolveram no linux.