Math
Pelo que descreveu não acredito que seja um problema com a bateria. Pensando no que mais poderia reiniciar as configurações da bios me lembrei de uma situação. Quando eu estava instalando o Mac OS X Snow Leopard no meu PC (instalação retail com BootCD), por diversas vezes no momento em que o sistema ia subir sem a ajuda do BootCD o sistema congelava e em seguida reiniciava, com a bios desconfigurada e pedindo F1. Nesse caso, o relógio mantinha a última data e hora, mas as configurações voltavam ao padrão.
Isso acontecia basicamente por dois motivos: configuração AHCI desativada ou exigência da placa de vídeo durante a instalação do sistema. Outra coisa que poderia fazer o pC reiniciar com a bios desconfigurada é superaquecimento.
Em todo caso, se o problema for a bateria da bios, o sistema irá sempre desconfigurar a bios e o relógio marcará 0:00h do dia 01 de janeiro do ano de fabricação da placa-mãe. Se for um problema que desconfigure a bios, o relógio marcará uma data compatível com a última válida.
Sobre o fato de o sistema desajustar o horário depois de algumas horas de funcionamento, vale lembrar que o ubuntu normalmente sincroniza e ajusta o relógio do sistema pela internet. Nesse caso, o seu relato sugere que o problema está relacionado à alguma configuração de fuso horário, que poderia estar relacionada a algum problema no servidor do horário local. Nesse caso, marcando a opção UTC=yes o seu sistema manteria a bios com o horário GMT e calcularia o horário da sessão com base no fuso horário definido na instalação (ou seja, com UTC o horário da bios é diferente do horário do sistema)
