Dentro da /home o sistema cria as pastas de usuário. Dentro da pasta de usuário, além das pastas visíveis (documentos, vídeos, etc) existem as pastas de configuração de aplicativos, que ficam ocultas. São pastas como as que você citou, como .compiz, .mozilla, etc. Essas pastas são apenas configurações.
Já que você quer uma instalação limpa, o melhor é fazer um backup de seus arquivos e formatar todo o HD para fazer uma nova instalação.