Bom, essa pergunta é bem genérica. Se você deseja indicações de programas que realizam backup, posso indicar o Unison.
Acho muito interessante pois ele realiza sincronização entre diretórios inclusive pela rede. Outra indicação seria o Deja Dup que pode ser schedulado para execução (se não me engano).
Ambos podem ser instalados através de Central de Programas do Ubuntu.
abraços.
