Já usei o Apollon no Ubuntu e em várias outras distros, sem problemas. Realmente, na primeira execução ele leva um tempo absurdo para conectar, mas depois fica ok. Já instalei pelo instalador do site deles, bem como pelo apt-get.
A única coisa extra que fiz foi editar manualmente os arquivos OpenFT.conf e FastTrack.conf, que ficam na pasta .giFT, no diretório home do usuário. Isso apenas para especificar as portas de acesso dos plugins, já que meu router está com as portas fechadas, exceto um grupo de 5 portas, apenas para usu com p2p.