Duas!
Uma, não utilizando o Unity, o painel superior do gnome mantém o menu Locais e ao fundo tem a opção de eliminar documentos recentes, contudo não permanentemente!
Outra, através do Ubuntu-tweak (
de momento não uso o meu pc e já não recordo em que menu se encontra essa opção) que apesar de emitir um pequeno alerta, permite informar o sistema para que não volte a guardar documentos antes utilizados e que permaneceriam na área de documentos recentes. Se alguém puder localizar esta opção no ubuntu-tweak..., caso contrário, quando estiver no meu pc poderei especificar melhor.