Vc está chamando o conky pelo terminal?
Se for tenta chamar direto pelo arquivo .conky_start.sh, arquivo oculto na home.
Apaga os conkyrc que existem e coloca o que vc deseja e abre direto pelo arquivo que citei, dois cliques, manda executar e espera um pouco, deve demorar uns 15 segundos, ou modifica dentro dele o tempo.
É estranho se vc trocou o arquivo ele ficar no mesmo sempre.
Abraço.