Ola
Os pacotes desenvolvidos para o GNU/Linux são escritos com o codigo-fonte em mente.
Depois são portados ( pré-compilados ) para por exemplo .deb ou .rpm
Porém o fato de estar em .deb, não garante que foi portado também para suportar o ambiente gráfico Gnome (padrão do Ubuntu)
O fundamental é que à partir do código-fonte ele rode em todos os ambientes GNU/Linux.
Estarem em formato .deb ou .rpm ou outros é apenas uma comodidade, o que não garante sua inserção de icones em pastas do sistema visto os diversos ambientes gráficos.
Quanto a "programas que estão instalados e que ao serem executados "parece" que vão ser iniciados, porém, simplesmente somem, desaparecem sem terem nem mesmo sua interface projetada na tela... " como cita, isto se deve ou a erros de compilação ou ainda ao ambiente grafico utilizado.
Quando isto ocorre, é necessário se chamar o pacote diretamente em terminal, onde poderão ser vistas as mensagens de erro para posterior correção.
Por exemplo:
Baixe o avg antivirus. Bem, se não baixar junto o avggui, nada irá aparecer na tela de seu ambiente grafico. Mas em terminal, via linha de comandos, o avg "puro" poderá ser executado.
Outro exemplo:
O testdisk. Este não tem GUI (Graphic User Interface), apenas roda em linha de comandos.
Devido a isto, "algumas coisas acontecem meio que estranhas, porém, causam pouco ou nenhum alarde na comunidade" visto conhecerem estas diferenças, mas isto não é nada estranho mas uma característica do sistema.
Quando, e no dia em que, todas as distribuições utilizarem a árvore de diretórios sugeridas pelo Linux Filesystem Standard ( Ubuntu não segue totalmente ) e os ambientes graficos forem unificados, bem como as formas de empacotamento se unirem (Deb, RPM, etc.) isto poderá se tornar realidade.
Mas aí a brincadeira acaba, sua liberdade ficará restrita, virus serão escritos com mais intensidade e o sistema livre irá perder a graça.
Eu prefiro como está.
[]'s