Resolvi meu problema com certificado A1 da seguinte forma. Uso o ubuntu 12.04 e instalei o google chrome, depois de muita pesquisa consegui instalar o certificado clicando em configurações do navegador "chrome" que fica no canto superior direito em seguida cliquei em mostrar configurações avançadas, fui até HTTPS/SSL e cliquei em gerenciar certificados depois cliquei em importar, fui até a pasta onde estava meu certificado, no meu caso estava em downloads mais não apareceu nada, ai percebi que na parte inferior estava procurando apenas por arquivos PKCS #12 ai troquei para opção TODOS OS ARQUIVOS e apareceu meu certificado.pfx, dei um duplo clique nele e PRONTO! certificado instalado.
Obs: meu certificado veio zipado, extrai para mesma pasta "Downloads".