Colega, não entendi direito o seu problema. A Imagem ISO que você baixou deve ser gravada como está, você NÃO deve descompactar nada. No Nero mesmo, tem uma opção de "Burn Image", é essa opção que você deve usar para gravar a Imagem ISO.
Agora, se você não gravou a Imagem ISO da forma correta, como foi que você detonou a partição do Windows :?: :?: :?:
Vamos assumir que você gravou a Imagem ISO de maneira correta, deu o boot com o CD do Ubuntu, durante o processo de instalação dele, você só conseguirá detonar a Partição do Windows, se VOCÊ mandou ele formatar a partição do Windows. Falo por experiência própria, já instalei mais de 15 distros na minha Máquina e nenhuma delas detonou a partição do Windows.
Ou você apenas não consegue ter acesso a partiçao do Windows?
Por favor seja mais claro na hora de expor seu problema.