Pessoal, retomo a discussão deste tópico porque o problema voltou a ocorrer após a atualização do thunderbird. O firetray não existe mais, logo a solução se tornou inviável. Fiquei pensando se não haveria um comando parecido com o Liferea, que ao digitar em aplicativos de sessão o comando "liferea –mainwindow-state=hidden" faz com que ele inicie minimizado. Não seria possível fazer o mesmo com o thunderbird. Tentei usar "thunderbird –mainwindow-state=hidden" e também "thunderbird %u –mainwindow-state=hidden" mas nenhum dos dois funcionou. Haveria alguma outra possibilidade?
Valeu!