Windows em geral é complicado no que se refere a Particionamento de discos. Tanto, que até o Windows7 64 não tinha como instalar em HD com tabela GUID (Sistema com EFI usado principalmente pela Apple) e para instalá-lo no Macbook o Bootcamp fazia uma partição híbrida, que era reconhecida como MBR dentro da partição em tabela GUID (Isso é tão problemático que se um desavido quiser testar um live-CD Linux no macbook com windows instalado e nesse teste acessar a tabela de partições com o Gparted haverá corrupção do sistema e será preciso restaurar a partir do DVD do Mac...)
Resumindo, particionamento de disco é uma coisa delicada e sempre que possível deve-se optar por partição real em vez da estendida. Outra coisa que é preciso ter cuidado é com o grub. Como o gerenciador é usado em versões diferentes pelas distros (opensuse e ubuntu) e por padrão ambas são instaladas na MBR, pode haver sim alguma corrupção.
No caso informado, talvez uma recuperação do grub2 com o live-CD do ubuntu resolvesse o caso. Se não, o melhor seria mesmo refazer tudo, com partições reais. (Particularmente, com mais de uma distro linux eu costumo eleger uma primária, com o grub instalado na MBR. Para as demais, instalo o grub na partição de cada instalação e gerencio tudo pelo grub da primária.